中心日常研发工作和装备使用的安排和协调由中心主任负责，中心各副主任分别落实和下达研发任务，确保资源的有效利用和研发的进度。中心总工程师承担对外合作项目的技术论证、研发方案制定以及工程化验证等任务。原则上，每两周召开一次由中心主任主持的管理委员会工作会议。
中心根据工程项目实施和对外技术服务的需要，在现行的运行机制上有三种方式：
  （1）在内部实现项目责任制，由中心主任签发项目任务书下达到项目团队，已目标和进度对项目完成情况进行考核，并纳入依托单位人事管理的年度考核内容，其中包括了对参与项目人员的奖励及其科研工作量。
  （2）按国家与高校人事管理规定，对外招聘中心需要的专业人才，现已有专职技术工人（技师）1人，承担日常的装备操作和维护工作；专职研发人员（博士学位）1人，参与有关项目团队承担工程项目设计与实施工作。中心以项目经费承担对外招聘人员的工资和各种保险费用，并根据工作情况给予一定的奖励。
  （3）中心利用本院所近百人的研究生人力与研发资源，加强自主创新的基础研究，鼓励研究生直接参与中心的项目工作，合理分割和分配任务作为研究生的工程实践，并已与几个汽车企业建立起研究生的实习基地，同时也加强了与企业的交流与联系。
    与我国汽车制造产业技术需求的紧密结合是中心生存和可持续发展的根本。因此，在中心的运行机制上，一方面要发挥高校对新技术的跟踪与自主研发的积极性，以促进和提升我国汽车制造企业的生产水平；另一方面是根据汽车结构部件批量化、型式多、换代快以及企业对技术需求与服务具有长期性等特点，中心在其发展中将继续在一些重点汽车企业有计划地建立工程应用基地、新技术推广示范点以及专业人才的培养点。现已向中心申请共建工程应用基地的企业有5个，申请共建新技术推广示范点有3个。这将在中心正式成立后逐一落实。